西元六世纪中叶，佛教东传日本，时为日本钦明帝朝，朝廷分为以苏我为首之尊佛派与以物部为首之排佛系，前者获胜后，创建向原寺，是为日本有佛寺之始。至圣德太子时代（593～622）大力弘扬，佛教基础得以奠立。此后，佛教与日人原有之思想、文化、生活等融汇，形成独特之日本佛教。自飞鸟时代（五世纪中叶）至明治维新（十九世纪中叶），日本佛教教理始终承袭我国，如密宗之即身成佛论、天台之圆顿戒、净土真宗之信念主义、禅宗之生活即佛法、日莲宗之唱念法华等，其思想渊源无一不源自我国，至于修行实践方面，亦多采用我国佛教之修行方法，并加以组织与发展；所异者，即在社会活动（即教化）方面之普化，乃日本佛教最大之特色，此特色绵亘千五百年而巍然独存。
(一)飞鸟、奈良时代（552～781）：初传时期之佛教，其信仰对象为释迦、药师、观音、弥勒、四天王等，其崇拜目的概为延命、消灾等现世利益。此等贵族化之佛教至圣德太子时，制定十七条宪法，以佛教为国教，而转变为国家化之佛教，此特色维持至明治维新时期。推古天皇（593～627）以后，宗派渐明，最兴隆者为三论宗、法相宗，次为律、华严，再次为俱舍、成实，总称南都六宗。其中，三论宗成佛论重视根机利钝之说，法相宗讲究‘性相相待’、‘理事差别’、‘五性各别’等，均获得当时知识分子与官僚之接受，故特盛一时；华严宗之世界观亦能契合以国民为官吏化身之思想。此时期之学佛者常一人或一寺兼习数宗之学，有别于后代之执于一宗一家之说。此时期之日本佛教，蒙受国家之保护，致无真正之宗教信念，在僧尼激增且日趋腐化之下，空海、最澄二师乃于新京平安另创新宗派（密宗、天台宗）。
(二)平安时代（约四百年）：于八世纪中，密教大兴于我国，寻即影响日本。空海（774～835）以显教为佛所说法，而佛所证法则为秘密庄严之境界，将‘即心是佛’之思想，直转为即身成佛论，而成‘即事而真’之现实具体论，此种教义颇适合当时人心之需求。至如最澄（767～822），则以天台为经宗，法相为论宗；经宗为本，论宗为末。有关戒律之传授，则设立大乘戒坛，应此而有‘山家学生式’之制定。天台宗一乘主义传至安然（九世纪末）时，更提倡‘现世成佛’、‘即身作佛’，将宗教理想现实化；同时，四种三昧之修养道场亦落为形式化之法会道场。此时期后半，密教事相极盛，比睿山完全密教化，致有东密、台密之分。此外，由于社会扰攘不安，教界堕落，遂有末法思想与本地垂迹说（神、佛结合）之抬头，民众之宗教意识逐渐昂扬。
(三)镰仓、室町时代（约四百余年）：净土、禅、日莲宗之振兴期，亦为日本佛教史上最活泼、辉煌之时代。以平安朝末法思想为背景，应时而生之净土宗，原是形式性、彼岸性与深奥性的，至此时期，则转为现实性、此岸性与浅现性。法然（1133～1212）提倡专称名号，以称名为往生之本愿，其他杂行仅为助行；其高足亲鸾（1173～1262）更以信心为往生极乐之首要条件，一念之信为纯真且最清净之宇宙实相。信念主义之净土宗为易行化、社会化、民众化之佛教，故渐产生放弃修道、破除戒律之弊端，应运而生者即修道性、戒律性之禅宗。临济宗以棒喝禅、学人禅为特色，机锋激烈，为求证悟，不择手段；曹洞宗以默照禅、达人禅为特色，认为临济宗不但妥协且又公式化，道元（1200～1253）并著「正法眼藏’，阐扬曹洞禅之正法主义。值此禅净并盛之际，旧宗派如法相、真言、天台、华严等亦各自将教义易行化、民众化，天台宗甚至染上净土色彩以应时需。日莲（1222～1282）主张信仰久远实成之释尊，一心称念‘南无妙法莲华经’经题即可成佛，成就无作之圆顿戒，更以‘念佛无间、禅天魔、律国贼、真言亡国’之口号，破斥他宗之偏见。新兴宗派力求民众化之同时，南北八宗亦藉着民众化以维系命脉，旧宗派虽亦尝藉政治势力以阻止新宗派之发展，如正中二年（1325）之正中宗论、文明元年（1469）之决议放逐日莲宗徒等，然因禅、净诸宗所具有普遍化与生活化之特性，反浸透旧宗派。
(四)江户时代（1600～1867）：此时期幕府以法令制定各宗派寺院之本末关系，末寺须服从本寺之命令与支配，各宗派内纠纷因此顿减。此外，与朝廷或皇室有关之寺院，如门迹、院家、院室等，亦被剥夺实力，一扫向以俗权影响宗教之弊。先此，基督教已传入（1549），幕府乃利用佛教建立寺檀制度，使全民皆为佛教徒，各择一宗一寺而自为檀越，负责维持寺院所需，虽因而肃清基督教余势，佛教亦丧失朝气。此时，我国隐元（1592～1673）东渡，开创日本黄檗宗，与临济、曹洞鼎足而立，宗风大抵同临济，惟以唐音讽诵经文、法式亦悉用明风。其时，在寺院法令中，奖励学问为要项之一，故各宗纷纷兴办檀林、学寮等教育机构，由于教学兴隆，各宗学者辈出，天台宗有妙立（1637～1690）、灵空（1652～1698），日莲宗有日奥（1565～1630）、日讲（1626～1698），真言宗有运敞（1613～1693）、亮汰（1621～1680），禅宗有泽庵（1573～1645）、愚堂（1579～1661），净土宗有满誉（1562～1620）等。虽然人才辈出，却由于生活有保障而思想逐渐沉滞，复以儒学、国学抬头，佛教遂面临危机，此即明治时代神佛分离政策之执行。
(五)明治维新以后：明治元年（1868），颁行神佛判然令，禁用以佛语称呼神号、供佛菩萨形貌之神像、用木鱼梵钟等佛具，神社遂脱离佛教而独立。同时，受‘毁释排佛’舆论之影响，朝廷以佛教在伦理实践方面不及儒家，经济建设方面不及西洋科学文明，政治目的方面不及神道等为由，迫令僧侣用俗姓，解除僧侣食肉带发娶妻之制。幸有福田行诫、大谷光尊、赤松光映等新佛教先驱之屡次抗辩，并赴欧美考察，以世界宗教大势评驳政府之宗教政策，使佛教得以渡过困厄而进入新时代。明治二十年前后，自由研究佛学之新风气普遍展开，在佛教原典方面，有南条文雄、荻原云来、高楠顺次郎等梵文学者，河口慧海、寺本婉雅等西藏文学者，长井真琴、高楠等巴利文学者；佛教史方面，有村上专精、境野黄洋。大正年间，复有织田得能、姊崎正治、望月信亨等人。同时，佛教大学如真宗本愿寺派之龙谷大学、大谷派之大谷大学、日莲宗之立正大学、真言宗之高野山大学、曹洞宗之驹泽大学亦纷纷建立。经典之整理，如缩刷大藏经、卍字正藏、续藏经、大正新修大藏经等亦陆续刊行。又辞书之编行，日本佛家人名辞书（鹫尾顺）、佛教大辞汇（龙谷）、佛教大辞典（望月）、佛书解说大辞典等之问世，更充实了日本现代佛教学之内容。信仰方面，在基督教与西洋哲学影响下，已逐渐脱离中国佛教之形态与观念，凡普及于民间者，方得发展；同时，民主思想之抬头，僧人亦获参政机会。除佛教专门著作外，一般刊物亦多不胜数，如大法轮、世界佛教、女性佛教、东方佛教徒（英文）等近四百种。
盖佛教自印度兴起，经中国、朝鲜而传至日本，然为适应日本人之思想、文化、生活等而浸入其中给予影响，其后，则由于同化之结果，而产生一种独特之日本佛教。总结其特色有下列诸点：(一)日本佛教被视为镇护国家之道具。佛教徒亦以协助者自居，故佛教成为与皇室有密切关系之国家佛教。(二)日本佛教为镇护国家，而特重密教之咒术祈祷。故咒术祈祷深深浸透日本民众生活之中，成为追求现世利益之具。(三)日本初期佛教，僧人并不参与死者之丧葬。至中世，禅宗传入以后，中国葬礼法亦随之传入，僧人始担当死者之葬礼。其后，由于净土信仰普及，故葬式成为僧人之重要职务。(四)以江户时代之檀家制度，致使佛教成为‘家之宗教’，而个人信仰方面之培养，反致薄弱。(五)日本佛教因与其古来神道思想同化、融合，而有所谓本地垂迹思想之产生。其中由于避免思想对立，而有神佛妥协之浓厚色彩，故佛教徒之信仰富有强烈之诸教混淆（syncretism）性质，惟此点仅为日本佛教性质之一。若将日本佛教与他国此较，则有下列几点特色：(一)日本佛教之致力于社会救济与慈善福利者甚多。(二)日本佛教从事深具意义而持续不断之民众教化工作。(三)日本佛教在思想方面，倾向于纯粹化，至中世以来尤为显著，如源空、亲鸾、道元、日莲等人辈出，于佛教思想发展上各有千秋，此诚为不可忽视者，亦为日本佛教特出之处。要言之，日本佛教之特质是国家化、社会化、信仰化、家庭化、宗派分明与现代学术化。此外，他国虽亦可举出类似之特色，但日本佛教与国民之间，具有密切之联结，确已形成日本佛教之特质。［日韩佛教研究（现代佛教学术丛刊(82)、中日佛教关系研究（现代佛教学术丛刊(81)）、日本佛教史上世篇（■善之助）、东洋人の思惟方法（中村元）］
