佛与众生心体是一，而心之相用则天渊悬殊，由相用悬殊故，其所受用者，亦复天渊悬殊也。
佛则唯以无缘大慈，同体大悲，渡脱众生为怀，了无人我彼此之心，纵度尽一切众生，亦不见能度所度之相，故得福慧具足。为世间尊，众生则唯以自私自利为事，虽父母兄弟之亲，尚不能无彼此之相，况旁人世人乎哉，故其所感业报。故其所感业报，或生贫穷下贱或堕三途恶道，即令戒善禅定自修得生人天乐处，但以无大悲心，不能直契菩提。以致福报一尽，仍复堕落，可不哀哉。
是则唯欲利人者，正成就其自利，而唯欲自利者，乃适所以自害也，药师如来本愿经者，乃我释迦世尊，愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来因中果上，利生之事实，为究竟离苦得乐之无上妙法也。
众生果能发慈悲喜舍之大菩提心，受持此经此咒及此佛名号，推其功效，尚可以豁破无明，圆成佛道，况其余种种果位，种种福乐乎哉，然在佛心固欲以无上觉道，全体授与一切众生，而众生智有浅深，固不得不随其所乐，令彼所求各各如愿也。
须知药师一经及与佛号，并其神咒，即释迦药师所得之阿耨多罗三藐三菩提法，凡至诚受持者，即是以佛庄严而自庄严也。
故玉琳琇国师常持此经，及此佛号，以是禅教律净之总持法门。故受持者或生净琉璃世界或生极乐世界，待至豁破凡情，圆成圣智，则直契寂光，东西俱泯，而复东西历然。随愿往生，则与弥陀、药师同归秘藏，是名诸佛甚深行处。
圣聪大师，以心安和尚所书之本，刻板流通，欲令受持者发起正信。祈简明以告之，又此经系唐玄奘法师所译，其八菩萨但举其目，未标其名，说咒一段，又复缺略。后之知识，欲令经义完全，故依七佛本愿经，添入说咒一段，共四百二十八字。依灌顶第十二经，添入八菩萨名，以三经原是一经故也。须知在昔，贝叶唯属抄写，或有遗亡以致译文全缺互异，后人添入深契佛心，故诸注者咸皆宗之，恐以藏本对校，致生疑虑，故略书缘起，以庆完璧云。