为日本佛教最大宗派的净土真宗之本山。分为东西二寺。(一)西本愿寺：位于京都市下京区堀川通六条。为真宗本愿寺派之本山。又称本派本愿寺，山号龙谷山。俗称阿西。弘长二年（1262），真宗开祖亲鸾示寂，门徒将之葬于东山大谷。未久，亲鸾之女觉信尼与门徒显智于文永九年（1272）移葬吉水之北，营建御影堂，龟山天皇赐号‘久远实成阿弥陀佛本愿寺’，并被列为敕愿所。

　第八世住持莲如，欲挽救趋于衰颓之寺运，乃大力弘法，广招信众，声势日隆，遂遭天台宗比睿山信众之嫉忌，于宽正六年（1465），纵火烧毁该寺。莲如迁至近江之园城寺，后又遇乱，辗转逃至北陆，建立道场，广化七州信众。至文明十一年（1479）在京都山科之地兴建松林山本愿寺。该寺再度为日莲宗徒烧毁（1453）。第十世住持证如以大阪之石山本愿寺为本山，再事营造。

　天正八年（1580），第十一世显如与织田信长共谋移祖像至纪州鹭森，其后移往和泉（大阪府）贝冢，又移至摄津（大阪市）天满。天正十九年（1591），接受丰臣秀吉献寺地，为今西本愿寺之起源，第十二世准如始着手营之。现在之堂舍系元和三年（1617）火灾后历年所建，有总门、唐门、影堂、书院、经藏、耕作阁、虎之间、青莲社、凌花亭等建筑。［丛林集卷九、大

谷本愿寺通纪卷一至卷五、卷九、真宗全史、本愿寺论］

　(二)东本愿寺：位于京都市下京区乌丸通七条。为真宗大谷派之本山。又称大谷本愿寺。俗称阿东。庆长七年（1602），德川家康捐寺地予显如之长子教如，于是创立东本愿寺。家康自上野前桥妙安寺请来祖像以供奉之

。宽永十六年（1639），将军家光又献地广为扩建。万治元年（1658）以降，陆续设立分别院，如大谷别院、浅草之别院等。然于宽正元年（1789）、文正六年（1823）等，堂舍曾数度遭火焚毁，现存者为明治时代之建筑，有大师堂、敕使门、宫御殿、大玄关、大寝殿、集会所、宝藏等，其中最宏伟之大师堂于明治十三年肇建，计十五年始完工。［丛林集卷九、真宗故实传来钞、大谷本愿寺通纪卷六、大谷派本愿寺要览］